O CNE é um órgão consultivo e autónomo da Associação de Médicos Estomatologistas Portugueses que visa defender os Serviços e Unidades de Estomatologia a nível nacional, criando uma plataforma comum de diálogo, onde os seus constituintes se possam articular para uma melhor formação dos internos de formação especializada e especialistas, com o objetivo último de prestar um serviço assistencial de elevada qualidade aos doentes.

O CNE corporiza ainda a interlocução contínua com outras instituições como a Ordem dos Médicos, a AMEP, o Ministério da Saúde, as Instituições Hospitalares, Agrupamentos de Centros de Saúde, o Ministério da Ciência, Tecnologia e Ensino Superior, as Instituições Universitárias, as Sociedades Científicas e Académicas, entre outras.

Esta Entidade será constituída pelos Médicos Estomatologistas Diretores de Serviço ou Responsáveis de Unidades de Estomatologia, do SNS e outros, e por Médicos Estomatologistas de relevo clínico, académico ou associativo.